要实现经济责任审计的全覆盖，必须对审计质量有更高的要求，即对审计项目要做到审深查透。在基层，经济责任审计涉及到不同的行政主管部门、事业单位和镇级政府（街道），部门、单位性质不同，工作职能不同，尤其是乡镇地方政府财政财务收支规模庞大、涉及事项繁杂，要面面俱到地审计到位，是很困难的。解决这个问题的唯一办法就是要搞好调查研究。要做好审计调查，就要将调查研究贯穿于整个审计过程，不仅在审前调查上下功夫，实施审计过程更要充分进行调查。只有做到这样，才能对责任人的工作做出具有较高说服力和相当准确判断的综合评价。在审前调查中，要了解和掌握被审计单位有关基本情况，如财政财务隶属关系、机构的设置和主管人员的变动、执行的会计制度、有关国家政策规定对单位的影响、单位预算或财务计划的制定执行情况，银行开户情况，有关发票购买使用情况、单位职工工资福利发放情况、内控管理制度及执行情况、有无下属的二级核算单位，收费、专款情况等。要了解重大经济活动决策的情况，看决策制定是否符合程序、手续是否齐全，落实情况怎样，是否执行到位。要了解有无重大专项资金情况，对专项资金使用的监管是否到位，使用过程中有无损失浪费、挤占挪用等。要了解政府性债务情况，政府债务举借的规模、使用渠道和风险管控能力怎样，还要了解自然资源的开发利用、环境保护和民生改善情况，以及对政府投资为主的重大项目的研究决策，乡镇的园区建设、投资项目进度如何，是否对当地经济、环境造成影响，其经济效益和社会效益怎样、领导干部个人廉政纪律的遵守情况等等。这些情况在审前调查时尽量做到详细，在全面摸清家底的基础上，通过其经济运行数据，以横向对比，纵向分析来把握数据的变化规律，从而找出可能出现问题的关键点，制定出有分量可操作性的审计方案，以利于确定审计重点内容。在实施审计过程中，要根据审计方案确定的关键点，顺着资金的来龙去脉查找问题。如对部门的收费是否全额收缴，未收缴的理由是否正当，收上来的资金有无挤占挪用、侵占等，要对被收费的单位进行抽查了解;对各类专项资金是否做到专款专用，是否直接用到项目上或者发放到有关利益人手中，也要不同对象地进行抽查取证;对有关中央、地方重大政策措施的贯彻落实情况要及时进行跟踪调查，尽早发现和纠正有令不行、有禁不止行为，揭示和反映政策执行中出现的新情况和新问题。对影响审计质量的风险点要高度重视，有严重违纪违规问题和案件线索也决不能放过。另外，在平时的其他审计过程中，也要做到既关注“事”，也关心“人”。如财政财务收支审计是围绕真实性审计开展的，它所查证的资产、负债、结余等“家底”也是经济责任审计的重要内容，如果当年有该单位的经济责任审计，就可以将两个项目合并进行，避免重复。如果没有，若发现存在的问题与其主要领导人员有关，就要注意做好经济责任性质和归属的取证工作，注意点面结合、重点查证，并将疑点情况列入到主要领导干部经济责任审计数据库中，以便日后经济责任审计时的利用，从而有效节省审计时间。